Dos subespecies geográficas han sido descritas en la vicuña silvestre: Vicugna vicugna vicugna y Vicugna vicugna mensalis. La diferenciación entre las dos subespecies se basa, principalmente, en la variación de tamaño y coloración del pelaje.
Se fundamentó la creación de V.v. mensalis, principalmente por el menor tamaño de longitud de los tres molares y alzada a la cruz en relación a la vicuña austral, V.v. vicugna; siendo las diferencias de 45 vs 57 mm y 70 vs 90 cm, respectivamente. La distribución de ambas subespecies nunca ha sido definida, razón por la cual varios autores no aceptan y/o mencionan la existencia de V.v. mensalis. Sin embargo, existen suficientes diferencias de fenotipo entre las vicuñas del norte y sur para justificar la existencia de dos razas geográficas, sino subespecies.